Buchkapitel und Buchbesprechungen
- ISBRA 2019: Bioinformatics Research and Applications
Deep Learning and Random Forest-Based Augmentation of sRNA Expression Profiles
Jelena Fiosina, Maksims Fiosins, Stefan Bonn
Conference paper, 09 May 2019
Software
SEA https://sea.dzne.de ): SEA, der "small RNA expression atlas", ist eine Webanwendung, die es ermöglicht, RNA-Expressionsdatensätze abzufragen, zu visualisieren und zu analysieren. Die SEA Datenbank enthält Informationen zu über 30.000 kleinen RNA Molekülen, 2.000 RNA-Proben, hunderten Erkrankungen, mehr als sieben Spezies und vielen verschiedenen Geweben und Zelltypen. SEA ist völlig Interaktiv und schnell. Es ist ein perfektes Beispiel für die Art von Wissensdatenbanken, die wir aufbauen.
Oasis & Oasis 2 ( https://oasis.dzne.de ): Oasis ist ein Webservice, mit dem man RNA-Datensätze analysieren kann, um Informationen darüber zu erhalten, welche kleinen RNA-Moleküle in den eigenen Datensätzen vorhanden sind. Darüber hinaus ist es möglich, für diese kleinen RNA Moleküle differentielle Expressionen zu ermitteln und auch Machine-Learning Modelle für die Klassifikation von Krankheiten zu generieren. Der Webservice ist interaktiv, schnell und wird von der Forschungsgemeinde stark benutzt.
Memory Epigenom Browser ( https://memory-epigenome-browser.dzne.de ): Der Memory Epigenom Browser ermöglicht es, über 200 Zelltyp-spezifische epigenetische und transcriptomische Datensätze vor und nach Lernvorgängen auszuwählen, zu visualisieren und herunterzuladen. Diese Daten sind Teil unserer Veröffentlichung über die epigenetischen Grundlagen von Lern- und Gedächtnisprozessen (Halder et al. Nature Neuroscience 2016).
GRAND: "Graphs as nested dictionaries" ist eine Software, die es ermöglicht, schnell und ohne großen RAM-Verbrauch Graph-Operationen und Graph-Visualisierungen durchzuführen. GRAND ist als Python-Packet frei erhältlich. Es unterstützt viele gängige Graph-Dateiformate und enthält Algorithmen für gängige Operationen wie Suche oder kürzeste Pfade.