UKE - Forschung & Translation - Bioinformatik Core

Bioinformatik Core

Das umfassende Serviceangebot der Bioinformatik Facility richtet sich an Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des UKE und assoziierter Institute. Der Fokus liegt auf der Analyse von Daten aus Hochdurchsatz-Sequenzierungen (‘Next Generation Sequencing’). Das Angebot umfasst Datenauswertung, Beratung, Softwareentwicklung und Fortbildungen.

Serviceleistungen

Datenanalyse
Für zahlreiche Aufgabenstellungen wurden von der Bioinformatics Core Facility standardisierte Arbeitsabläufe etabliert. Für spezielle Anwendungen, bei denen die standardisierten Methoden an ihre Grenzen stossen, werden individuell angepasste und intergrative Lösungen angeboten. Analysestrategien und -ergebnisse werden auf Wunsch gemeinsam mit den Nutzerinnen und Nutzern diskutiert und beurteilt.
Beispiele verschiedener Anwendungen für die bioinformatische Lösungen angeboten werden:
- RNA-Seq (differentielle und absolute Expression, Fusionsgene, kleine RNAs)
- Genotyping
- ChIP-Seq
- Metagenomik und Metatranskriptomik
- Assemblies
- Genvorhersagen
- Ribo-Seq
- MeDIP-Seq
- Bisulfit Sequenzierung
- sowie zahlreiche weitere Anwendungen
Beratung

Die Bioinformatic Core Facility bietet Beratung zu Sequenzierungen und zur Analyse von Sequenzierdaten an. Forschungsprojekte können über alle Projektphasen hinweg unterstützt werden - von der anfänglichen Projektplanung, über die Unterstützung bei Projektanträgen, bis hin zur Dokumentation von bioinformatischen Methoden für Publikationen. Darüber hinaus können Arbeitsgruppen, die eigenständig bioinformatische Analysen durchführen möchten, bei der Auswahl geeigneter Hard- und Software unterstützt werden.
Software Entwicklung

Die Bioinformatics Core Facility entwickelt Software für die Analyse von Sequenzierdaten und die Automatisierung von Prozessen. Es kann jedoch stets nur eine kleine Anzahl sorgfältig ausgewählter Projekte unterstützt werden.
Bioinformatische Fortbildungen

Zwei Workshops werden regelmäßig angeboten: „Applied Bioinformatics“ legt den Fokus auf das Erlernen bioinformatischer Techniken für den Laboralltag. Der Workshop „An Introduction to Scientific Programming“ zielt darauf ab, Teilnehmer ohne Programmiererfahrung in die Lage zu versetzen einfache Programme für die Datenauswertung selbst zu schreiben. Die Bioinformatics Core Facility ist stets offen für weitere Themenvorschläge.